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廣州競遠(yuǎn)生物科技有限公司
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| 單細(xì)胞測序分析 |
單細(xì)胞測序分析
服務(wù)簡介
隨著現(xiàn)代生物學(xué)的發(fā)展，以組織或細(xì)胞群體為研究對象，分析多種細(xì)胞的平均基因表達(dá)水平已經(jīng)不能夠滿足科研需求。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細(xì)胞水平對全轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行擴(kuò)増與測序的一項(xiàng)新技術(shù)。10 x Genomics的Chromium Controller是基于流控技術(shù)的單細(xì)胞文庫制備系統(tǒng)，可以同時獲得100-80，00以上的單細(xì)胞，制備文庫和Illumina平臺兼容，通過測序?qū)崿F(xiàn)對高通量單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞群體的分類以及細(xì)胞群體間基因表達(dá)的差異分析。10 Xgenomics單細(xì)胞表達(dá)分析可應(yīng)用的細(xì)胞類型眾多，如腫瘤細(xì)胞、免疫細(xì)胞、干細(xì)胞、神經(jīng)細(xì)胞、生殖細(xì)胞、胚胎細(xì)胞等。是研究腫瘤異質(zhì)性，免疫細(xì)胞群體和胚胎發(fā)育的優(yōu)秀方法。
t-SNE分析
tSNE:t分布領(lǐng)域嵌入算法，讀作“Tee-Snee”，它只在用于已標(biāo)記數(shù)據(jù)時才真正有意義，可以明確顯示出輸入的聚類狀況。主要思想就是，將高維分布點(diǎn)的距離，用條件概率來表示相似性，同時低維分布的點(diǎn)也這樣表示。只要二者的條件概率非常接近(用相對熵來訓(xùn)練，所以需要 label)，那就說明高維分布的點(diǎn)已經(jīng)映射到低維分布上了。
擬時間線分析
擬時( pseudotime)分析，又稱細(xì)胞軌跡( cell trajectory)分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻率較高。主要基于關(guān)鍵基因的表達(dá)模式，在擬時間對單個細(xì)胞進(jìn)行排序，模擬出時間發(fā)育過程的動態(tài)變化�？梢詫λ屑�(xì)胞按分化擬時間進(jìn)行細(xì)胞軌跡可視化，也可以對不同細(xì)胞亞群或樣本進(jìn)行可視化。 |
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